人类补完计划委员会——色ele，名义上是联合国下属的一个组织，实际上他们操控着联合国的许多事务，作为觉醒智慧之果的人类，清楚人类与莉莉丝的契约，但是，觉醒智慧之果往往是一些垂垂老矣的老人，并不具有悠久的生命，
于是，为了人类的补完，这些老人自我牺牲，抛弃**，将自己的生命形态转换，意识成为电脑程序一般的存在，按照《死海文书》中记载的信息，编制的人类补完计划的剧本，并调整细节，将人类送上永生之路。
只是全世界的那些普通人，那些国家的领导者，如果知道真相，不知会作何感想。当然，别说普通人，那些国家高层也不知道人类补完计划，真以为nerv是在拯救世界，打败了使徒，就能复兴世界。
三号机运抵第三新东京市，一切工作有条不紊地进行，按色ele提供的剧本，应该会有一个具有特殊能力的使徒来袭，结果，使徒没来……难道使徒也会半道开小差，给漂亮妹子吸引什么的？
使徒没来，谁也没办法，总不能打电话联络一下使徒，请它按时来送死，不然给它差评之类的，只能等待。
这一次，平静的日子持续了较长的时间，不但没让人安宁，反而像是暴风雨前的宁静，让所有nerv的成员都觉得烦躁不已。同时，国际上因为日本有了数台eva争吵不休，在他国看来无疑是相当具有威胁性的。拯救世界当然是好的，不过，那得是在自己的利益得到保障的前提下。
不说各个国家之间为了一点点利益，斤斤计较，就算是色ele与nerv之间也存在各种龌龊。
色ele的愿望就是按照与莉莉丝的契约，人类全部变成lcl，橙汁一样的液体，莉莉丝复活，人类全部回归黑之月，精神再无隔阂，一起永生。
nerv的总司令碇源渡一直听命于色ele，实际执行种种计划，实际上他与色ele同床异梦（一群老男人同床异梦……呕！），有着自己的计划。
本来，老实按照色ele的计划一步步实行，只要消灭所有使徒，并不是多复杂的事情。人类补完计划重要的一环就是所谓的弑神，就是消灭使徒，碇源渡却打算连神的意志一起干掉，将补完完全掌控在自己的手中，为此，碇源渡小动作不断。色ele当然不傻，对碇源渡产生不信任，事情复杂起来，演变成一场双方都颇为费神的博弈，一边进行人类补完，一边相互防备。
nerv的绝大多数成员，也不知道nerv的真实目的，他们也单纯的认为是在为拯救世界而工作，并为此努力，就算一些人产生猜疑什么的，等待他们的是特务机关的枪口。
“真嗣怎么样？还是不肯再驾驶初号机？”
正在进行同步率实验的赤木律子问道，一边观察下面明日香、凌波丽、真希波三人的情况，如今，eva驾驶员全员都成了女生。
葛城美里多次试图让真嗣回心转意，但都无果而终，有些苦恼地道：“真的难以理解，那个兰斯怎么和真嗣成了好朋友？！他给真嗣灌输了一些奇怪的想法，真嗣变化不小，比以前自立得多，沉稳不少，但是，对我也产生戒备，不再信任他人。”
“他现在人在哪里？”赤木律子问道。
“似乎不打算与我一起住了，自己在外面租住。”葛城美里有些失落。
“哎呀，大姐姐的魅力也架不住了吗？”赤木律子笑道。
“我让加持找机会开导一下他，希望能行吧！她们三个的情况怎么样？”
“凌波丽和真希波都比较稳定，明日香的情绪最近一直低落……”赤木律子说到这里，警报再次拉响，回荡整个nerv，红色的报警灯飞转。
“发现异常at力场，波纹图样检测，蓝色！agi（三贤人电脑系统）标记为第九使徒！”
第九使徒来袭，按照色ele剧本，应该是第十使徒才对，不过，使徒的编号是按照来到的顺序来编制的，原本最强的拒绝型第十使徒成了第九使徒。
nerv立刻展开应战，各部门分工协作，平民避难，都市防御体系启动……eva迎战。
第三新东京市的远郊的一条乡村公路上，碇真嗣缓步前进，得知兰斯被消灭，他陷入悲痛中，虽然相处时间不长，但是确实算得上朋友，教了他不少东西。真嗣唯一能做的，似乎就是拒绝驾驶eva。最近一直在反思自己，回忆兰斯和渚薰的一些话，今天他鼓起勇气，前往兰斯房子的旧址，勇于面对也是一个人必备的素质，不是吗？
真嗣并非独自一人，加持良治也与他同行，至于他的目的，真嗣心里也明白，如果是以前，他想都不会想，只会认为那是大人对后辈的关怀引导。